I kontoinställningarna i Mail, kontrollera att mapparna är konfigurerade så här:
Det är nämligen viktigt att papperskorgen motsvarar mappen "Trash" som finns på värdservern.
Mail MacOS - När jag tar bort ett e-postmeddelande tas det inte bort från servern
Lös problemet med att ta bort e-post i Mail på MacOS