Dans la configuration du compte sur Mail, vérifiez que les dossiers sont configurés ainsi :
Il faut en effet que le dossier corbeille corresponde au dossier "Trash" présent sur le serveur d'hébergement.
Mail MacOS - Lorsque je supprime un e-mail il n'est pas supprimé du serveur
Résoudre le problème de suppression de mail sur Mail de MacOS